Theo Đại Việt thông sử, Trần Tuân là người xã Quang Bị, huyện Bất Bạt thuộc Sơn Tây cũ, nay là huyện Ba Vì, Hà Nội, Việt Nam.

Trần Tuân sinh ra trong gia đình có truyền thống khoa bảng. Ông tổ 4 đời của Trần Tuân là Trần Văn Huy (tên thật là Trần Nguyên Trừng, hậu duệ các vua nhà Trần, không phải dòng dõi Trần Hưng Đạo như có thuyết nêu), đỗ tiến sĩ trong niên hiệu Thái Hòa đời Lê Nhân Tông[2]. Ông nội Trần Tuân là Trần Cẩn đỗ tiến sĩ thời Lê Thánh Tông, làm quan đến chức Thượng thư Bộ Lại. Dòng tộc Trần Tuân có mối quan hệ với Hoàng hậu Trần Thị Tùng (vợ Lê Uy Mục), người làng Nhân Mục Môn, nên được Lê Uy Mục ưu ái (sử sách có ghi Lê Uy Mục chỉ tin dùng ngoại thích bên mẹ và bên vợ), khiến một số thế lực khác trong Triều đình căm tức chống lại. Khi Lê Uy Mục bị Giản Tu Công Lê Oanh (tức Lê Tương Dực) lật đổ cuối năm Đoan Khánh thứ 5 (1509) với sự ủng hộ của các gia tộc đại thần họ Nguyễn (Nguyễn Văn Lang, Nguyễn Hoằng Dụ) và họ Trịnh (Trịnh Duy Đại, Trịnh Duy Sản), Hoàng hậu Trần Thị Tùng phải chạy trốn đến chùa Hoàng Mai và tự vẫn ở đây. Toàn bộ ngoại thích họ Trần của Hoàng hậu bị truy sát phải chạy trốn, nhiều người phải đổi cả họ tên (những người còn lại trong gia tộc của Trần Tuân đổi sang họ Đặng và toả đi lánh nạn các nơi). Trần Tuân là một võ quan thuộc phe ngoại thích của Hoàng hậu vì chuyện này nên mới nổi dậy chống lại Triều đình của vị vua mới Lê Tương Dực ngay từ đầu năm 1510, đến năm 1511 mới tiến về uy hiếp Kinh thành.